Analiza pełnych genomów sporadycznego stwardnienia zanikowego bocznego cd

Seria odkryć składała się z 386 białych pacjentów i 542 osób z grupy kontrolnej, z których wszystkie były białe, starsze niż 65 lat i neurologicznie normalne w ocenie klinicznej. Nie było dowodów na stratyfikację populacji w grupie kontrolnej.6 Seria replikacji składała się z 766 pacjentów, z których 308 stanowiły kobiety, a 458 stanowili mężczyźni; było 438 białych, 136 nie-białych i 192 pacjentów o nieznanym pochodzeniu rodowym. Średni wiek wynosił 59 lat, a średnia skala oceny czynnościowej stwardnienia zanikowego bocznego – 29,94. 750 próbek kontrolnych DNA dla serii uzyskano od neurologicznie zdrowych osób w podeszłym wieku (353 białe kobiety i 397 białych mężczyzn, ze średnią wieku 66,1 lat) i zakupiono je z komórki Rutgers University Cell i Repozytorium DNA. W przypadku drugiej niezależnej serii walidacyjnej (seria replikacji 2) uzyskaliśmy dane od Schymick i wsp.7 (patrz poniżej). Projekt badania i genotypowanie
Najpierw przeprowadziliśmy zbiorczą analizę próbek DNA wyekstrahowanych z krwi lub linii komórkowych z każdego z 386 białych pacjentów ze sporadycznymi ALS i 542 białymi grupami kontrolnymi z serii odkryć. (Szczegółowe informacje na temat ekstrakcji DNA znajdują się w dodatkowym dodatku.) Podzieliliśmy podgrupę przypadków na 386 pacjentów na pół i połączono próbki DNA w każdym z nich, upewniając się, że DNA był obecny w ilościach równomolowych w każdej parze połączonych próbek. Przygotowaliśmy trzy pary połączonych próbek, w sumie sześć niezależnie utworzonych połączonych próbek. Połączona próbka DNA dla 542 kontroli została również utworzona w trzech powtórzeniach, aby kontrolować błędy pipetowania.
Każda z zebranych próbek została zhybrydyzowana z trzema zestawami matrycowymi GeneChip Human Mapping 500K (Affymetrix) i dwoma matrycami BeadChip Infinium II HumanHap300 BeadChip (Illumina) zgodnie z protokołami producentów do genotypowania pojedynczych próbek DNA, dając w sumie 27 macierzy Affymetrix i 18 Tablice Illumina. Układ Illumina składa się z sond, które badają polimorfizmy pojedynczego nukleotydu zdefiniowane przez HapMap (SNP), podczas gdy platforma Affymetrix ma sondy, które badają względnie równomiernie rozmieszczone SNP. Korzystając z tych dwóch platform, genotypowaliśmy 766,955 unikalnych SNP, ze średnią odległości między znakami średnimi wynoszącą 3,9 kb.
Oceniliśmy SNP z macierzy Affymetrix i tablic Illuminy według wartości P dla częstości mniejszego allelu dla każdego SNP w grupie obserwacji w porównaniu z grupą kontrolną, z najbardziej znaczącą wartością P odpowiadającą najwyższej pozycji i wartość graniczna P wynosząca 0,05. Najwyższe pozycje 192 SNP, zgodnie z wartością P, z każdej platformy genotypowania (w sumie 384 SNP) wybrano do walidacji w serii replikacji (Fig. w Dodatku Uzupełniającym). Dla każdego z 384 SNP walidacyjnych, wyselekcjonowaliśmy i genotypowaliśmy w serii replikacji dodatkowy połączony SNP – tj. Taki, który znajduje się w tym samym bloku haplotypu określonym przez dane CEU HapMap (od osób pochodzących z Europy Północnej i Zachodniej), jak wskazuje na silne zaburzenie sprzężenia (r2> 0,8) – tym samym chroniąc przed błędami w genotypowaniu lub niepowodzeniem testu w dowolnym locus, jak również zwiększając szanse posiadania co najmniej jednego informacyjnego SNP w zróżnicowanej etnicznie podgrupie serii replikacji 1
[przypisy: adapalen, poradnia chorób zakaźnych, vita dent ]

Powiązane tematy z artykułem: adapalen poradnia chorób zakaźnych vita dent